企业在年底进行出口退税结转的同时，也需要对全年的出口退税计算与申报做个全面检查。以下是企业出口退税的一些普遍问题和近几年税务稽查中常见的风险点，可以作为参考。
1.出口报关单上的品名和增值税发票品名的一致性
外贸企业出口货物申请增值税退税，税局对出口报关单和取得的采购货物的增值税专用发票上的品名必须保持一致，出口货物报关单上的第一计量单位、第二计量单位，及出口企业申报的计量单位，至少有一个应同与其匹配的增值税专用发票上的计量单位相符。
2.进项增值税专用发票用途的准确性及对应处理
外贸企业采购商品取得的增值税专用发票，在勾选认证操作时有“进项抵扣”和“用于出口退税”两个选项。企业应该确认发票用途。若将“用于出口退税”的发票错误勾选为“进项抵扣”，需要向税局申请修改或者开具红字发票。
外贸企业如果同时有内销和出口货物，非采购商品用于出口产生的进项需要区分用途，对应出口货物的部分并做转出处理，不能用作抵扣或者申请留抵退税。
3.生产企业“视同自产产品”的认定
生产企业的一些非自产产品是否可以被认定为“视同自产产品”从而享受免抵退税的处理，需要根据文件的规定和当地的实际操作与税局进行事先沟通确认。
4.关单匹配及出口退税支持性文件的归档整理
对生产企业，特别是有进料、来料加工手册的企业而言，出口退税相关文件的收集整理和匹配需要耗费很长时间。企业需要及时检查各项数据差异、年末核销手册、向税局合理解释差异原因，否则将影响退税。
进一步提高出口退税的管理能力
面对外部税收环境变化和企业内部面临的挑战，比如：出口退（免）税申报数据源多样，数据计算逻辑复杂，涉及多方协作，导致企业耗费大量时间准备申报材料且容易触发申报预警。企业可构建智能化数字平台以应对税务合规风险：
对接ERP（企业资源计划）系统获取销售数据及采购数据并形成销售、库存台账；
对接增值税发票综合服务平台，自动确认增值税专用发票的用途；
对接电子口岸关单数据库，同步报关单数据并进行单证自动匹配；
建立企业的档案管理体系，对电子文件进行自动归档；
建立申报节点的统筹管理，可随时监控各地申报状态，降低合规风险。
在出口退税智能化平台的基础之上，企业还可搭建海关进口智能化平台，集成进出口各个环节的流程及数据，提高各环节的工作效率并进行数据分析、数据预测，推动发展供应链的智能化水平。